Суточные физлицу, работающему по ГПД, облагаются НДФЛ

Если возмещение командировочных расходов (в частности, суточных и затрат на проезд) производится на основании договора об оказании услуг, то сумма возмещения - доход командированного.
Письмо Минфина России от 24.02.2016 N 03-04-05/10023

По мнению Минфина, освобождение от НДФЛ командировочных расходов применимо только в отношении выплат, производимых сотруднику, работающему по трудовому договору.