Если подотчетник запоздал с авансовым отчетом...

...а работодатель не удержал из зарплаты этого сотрудника деньги, выданные под отчет, то на эту сумму нужно начислить страховые взносы.
Письмо Минтруда России от 12.12.2014 N 17-3/В-609

Если же потом подотчетник все-таки представит авансовый отчет и приложит к нему подтверждающие документы, а организация к тому моменту уже начислит взносы на подотчетные суммы, то базу по страховым взносам можно будет скорректировать.
Имейте в виду, если подотчетник не отчитается по расходованию денег, то эти суммы также будут считаться его облагаемым НДФЛ доходом.