Неработодатель не может предоставить имущественный вычет физлицу

Даже если ваша фирма выплачивает облагаемый НДФЛ доход какому-либо физлицу (к примеру, пособие ушедшему на пенсию сотруднику), она не может уменьшить этот доход на имущественный вычет в связи с покупкой физлицом жилья.
Письмо Минфина России от 05.11.2014 N 03-04-06/55651

Все дело в том, что имущественный НДФЛ-вычет гражданину может предоставить либо ИФНС, либо налоговый агент - работодатель. То есть для получения вычета гражданин должен обратиться в свою ИФНС.