http://www.r64.nalog.ru/
По мнению УФНС России по Саратовской области, при покупке доли в ООО у его учредителя - физического лица компания является налоговым агентом и обязана удержать НДФЛ. Рассуждает УФНС интересно - раз компания является источником выплаты дохода (что верно), то на нее возлагается обязанность по исчислению и уплате НДФЛ (что верно, но не всегда). А если сумма налога не была удержана, то физическое лицо обязано подать декларацию и уплатить налог.
Компании - покупатели долей в ООО налоговыми агентами не являются априори и даже при возможности удержать налог делать это не вправе. Гражданин - бывший участник должен сам декларировать этот доход и платить с него налог (Пункт 2 ст. 226, п. 1 ст. 228 НК РФ). Одновременно участник ООО может и уменьшить доход на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с его получением, а именно с приобретением этой доли (в частности, вклады в капитал ООО, расходы на покупку доли у других лиц) (Подпункт 1 п. 1 ст. 220 НК РФ). Впрочем, до 2009 г. компании при покупке долей в ООО (и прочих видов имущественных прав) действительно признавались налоговыми агентами. Возможно, в вопросе в УФНС была описана именно такая ситуация.