Письма Минфина России от 16.02.2011 N N 03-03-06/1/103, 03-03-06/1/102
По мнению финансистов, если у организации отсутствуют первичные документы на приобретенные товары, в том числе накладные, то расходы на них она при налогообложении прибыли учесть не может. Даже если у нее имеются вспомогательные документы, например ветеринарные сертификаты на эти товары.
Судя по всему организации придется восстановить утраченные накладные, например повторно запросить их у поставщиков. Ведь, действительно, в расходах могут учитываться только затраты, подтвержденные документами, оформленными в соответствии с законодательством РФ либо обычаями делового оборота, применяемыми в иностранном государстве, и (или) документами, косвенно подтверждающими произведенные расходы (Статья 252 НК РФ).
При этом Минфин России ранее считал, что "косвенные" документы могут лишь дополнять, но не заменять основную первичку (Письмо Минфина России от 25.06.2007 N 03-03-06/1/392).
А в данном случае сертификаты даже косвенно не подтверждают расходы, поскольку в них не указывается ни стоимость товаров, ни возмездность перехода права собственности на них.